论文查重工具在识别引用时，通常会通过比对文本中的引文与已知文献数据库中的引用信息进行匹配，利用文献的特征、引用格式、文献标识等进行识别。此外，还会考虑文献的内容、语言风格等因素，综合判断是否存在引用关系。

另外，一些先进的论文查重工具还会采用自然语言处理和机器学习等技术，通过构建引文特征向量、相似度计算等方法来识别引用。这些方法能够更加准确地判断文献之间的引用关系，提高查重工具的准确性和效率。