论文查重工具的使用受到一些限制，其中最常见的是免费使用次数的限制。许多在线查重工具提供免费的查重服务，但免费次数通常是有限的，超出次数后就需要付费使用。此外，一些工具对文本长度也有限制，超出限定长度的文本可能无法完整查重。另外，查重工具的查重范围也是使用限制之一，有些工具只能查重特定领域的文献，对于其他领域的文献可能无法准确查重。

除了免费次数、文本长度和查重范围的限制外，一些论文查重工具还会对文本格式、文件大小等方面有限制。例如，一些工具只支持特定格式的文档，如doc、pdf等，对于其他格式可能无法进行查重。此外，一些工具对上传的文件大小也有限制，超出限定大小的文件可能无法上传进行查重。因此，在使用论文查重工具时，需要注意各种使用限制，以确保能够顺利完成查重任务。